平和な日常を突如破壊した少年・澤田灰司。彼はかつて正義が“サムライフラメンコ”として対峙した中学生だった。灰司は正義に向って、自分は「この世界に残った最後の敵」だと宣言する。その言葉通り、灰司は“フラメンジャー”や要など、正義の周囲の人間を次々と襲っていく。正義は灰司を止めるため動き出すが、そこには予想外の事実が待ち受けていて――。